Kolem osudu funkcionalistické budovy se vedou bouřlivé diskuse už řadu let. Společnost Žižkov Station Development, která vznikla spojením Českých drah a firmy Sekyra Group, plánuje v blízkosti nádraží mohutnou výstavbu. Vzniknout má nová městská čtvrť. Žižkovská radnice před časem se společností uzavřela dohodu, na základě které nechala vypracovat detailní stavebně ekonomickou analýzu týkající budoucnosti památky.
Management plán, za kterým stojí technici, ekonomové, stavaři a architekti, přeměnu areálu doporučil. Po stavební stránce je objekt nádraží v pořádku, zásadní obnovu ale vyžadují technologické konstrukce nad železnicí, které sloužily pro překládání nákladů. Jsou ve velmi špatném stavu a hrozí jejich destrukce.
Letní kino na Nákladovém nádraží Žižkov.
Nákladové nádraží Žižkov
Pro obnovu památkově chráněné budovy je podle plánu nutné, aby se budoucí uživatelé stali zároveň společnými majiteli nádraží. Nutná by ale byla změna dohody mezi Českými drahami a společností Nákladové nádraží Žižkov, která má na budovu předkupní právo. Cena nemovitosti se pohybuje kolem 200 milionů korun.
Investor původně plánoval demolici nádraží. Proti se ale postavila odborníci i laická veřejnost. Ministerstvo kultury nakonec rozhodlo, že nádraží, které stojí na rozsáhlých nevyužívaných pozemcích, musí být zachováno. Původní plány na výstavbu nové městské čtvrti i nadále trvají. Nádraží se stane jejím centrem.
Otevřela se ale otázka dalšího využití obrovské památkově chráněné budovy. Otazníky visí i nad tím, kdo případné převzetí a rekonstrukci zaplatí. Radnice a některé neziskové organizace usilují o to, aby se budova stala centrem kulturního života. Ve hře zůstává už dříve diskutované umístění Národního filmového ústavu. V posledních měsících zájem projevila i Státní tiskárna cenin.
Stavba z 30. let 20. století patřila podle odborníků k nejmodernějším svého druhu v Evropě jak z hlediska technologie, tak z hlediska architektury.
