Na ministerstvo se s podnětem obrátili odborníci z řad architektů a historiků. Poukázali mimo jiné na údajné porušení památkového zákona a architektonickou devastaci památky. V dopise adresovaném ministerstvu a dalším mimo jiné uvedli podezření ze znesvěcení kosterních pozůstatků.
Ministerstvo jim dalo za pravdu a v aktuálním stanovisku zrušilo rozhodnutí pražských památkářů, které mělo vést ke kontroverzní přestavbě. Zároveň doporučilo magistrátu zrušit stavební povolení, proti kterému se už vloni odvolala Praha 1. Obávala se, že by majitel mohl objekt využívat pro erotické služby. Investor avizoval vznik nákupní galerie a ubytování. Už dřív kostel fungoval jako hudební klub, plakáty na tamní party ale často připomínaly pozvánky na erotickou show.
Odborníci upozornili na provizorní, a tudíž protiprávní uložení 92 koster, které byly už dřív vyzvednuty z krypty a umístěny na pozemku vedlejšího domu. Nevhodné je podle nich i uložení hromadných kosterních pozůstatků ve vyhloubené jámě pod kryptou. Jako problematickou vnímají výstavbu podkroví, která by trojnásobně přetížila pískovcové sloupy. Nepřípustné je prý plánované zalití základů kostela betonem. Doporučují úpravu projektu tak, aby zůstalo zachována historická hodnota památky.
O využití kostela se debatuje léta. Stojí kousek od Staroměstského náměstí, jako zchátralý byl v roce 1984 převeden na Národní knihovnou (NK), která pro něj nenašla využití. V 90. letech se ho pokoušela neúspěšně prodat, pak ho pronajala. V roce 2005 ho kontroverznímu nájemci prodala za 46 milionů korun.
Majitel Jerry Nowikovsky v 90. letech ještě jako nájemce objekt přestavěl. Podobu přestavby dodnes odborníci kritizují, i když někteří připouštějí, že bez zásahu by kostel těžko do dneška přežil.
